フラット35は固定金利、提携金融機関は変動金利です。
変動金利は半年毎に金利が見直されて、現在の金利はこれ以上低くならない程低金利ですので、この水準を維持するか上がるしかないと思われます。
すなわち、今の金利で総返済額を算出してもそれは最低返済額でしかなく、ほぼ確実にそれ以上の返済額になります。
また、変動金利は5年間月々の返済額が固定化されるデメリットもあります。提携金融機関は元利均等返済ですので、仮に金利が上昇した場合、金利ばかり返済して元金がなかなか減らず結果的に総返済額は更に多くなるリスクがあります。
これに対してフラット35は固定金利ですので、上記のようなリスクはなくローンを組んだ時点で算出した総返済額はそれ以上増えることはないため、計画的な返済が可能です。また、現在は固定金利も3%程度とかなり低金利ですので、これから更に金利優遇があるフラット35は長期ローンを考えている方にとっては非常に魅力的だと思います。
ただし、10年以下のローンを考えている方、越し返済を考えている方にとっては、変動金利によるリスクは小さくなりますので、当初変動金利でローンを組んで、金利が上昇した場合にその時のローン残高と金利から見て固定金利に変更するのが良いのではないでしょうか。