工事終盤の窓のサイズ変更について

換気扇の位置変更と窓ではかなり違うと思います。

換気扇は、穴開けてコーキングや防水テープで周囲の隙間を埋めればOKですが、窓の場合、サッシ分の穴をあけて、下方は防水シートを張り、サッシを穴に差し込んで、下方以外の三方を防水テープでふさぎます。

その後、透湿防水シートを横方向に上と下が重なるようにはるのですが、この張り直しがやっかいです。
継ぎ足しで張ることになりますので重ねあわせ部分の長さを十分にとらないと雨漏りの原因となります。

下手すると壁一面をはがしてやり直しってこともありえます。
でも防水テープで十分に隙間を埋めれば雨漏りすることはないです。

最後のほうになって意外に暗いと感じたりして窓を増やすケースはありますので、工務店も経験はあるはずです。
雨漏りするというのは、工務店がやりたくないための言い訳だと思っていいです。

開口部が増えると軽微変更ではないため申請の出しなおしや、大工、サッシ、サイディング、紙（シート）など各業者を集めてやり直すことになりますし、もし万万が一、雨漏りして補償の問題になれば面倒なので工務店としてはやりたくないのだと思います。

窓を取り替えるのではなくて、窓を追加してはいかがでしょうか

取り外して取りつけると、防水シートやテープのよれが
気になりますし、多分予算は追加しても交換しても
あまり大差はないと思います。

小さい窓の上に、開かなくてもいいから、それと同じ巾で
高さが高い窓とかなら、デザイン的にもおかしくないと
思うのですが・・・

それと、ＨＭの「雨漏れの心配」は布石です。
万が一、引渡後に雨がもれても「これはあの工事が原因」と
一言いいたいが為の言葉です。

大工さんの言葉が正しいと思います

ちゃんと相応の費用を払うと言えば、全く問題ないと思います。
重要なのは
・サイディングが必要箇所だけ剥がして、再施工できるか

・同様に構造用合板も剥がして再施工出来るか

・通常は横一枚で張って行く防水シートの処理をどうするか

・新たな窓が、耐力壁となっている合板や柱に当る可能性はないか

等々の問題はありますが、費用さえ掛ければどうにでもなります。

工事中はネットで囲まれているから暗く感じるけど、ネットを外したら明るくなりますよ。うちはそうでした。（周りの環境にもよるけど）
窓のサイズって建築確認申請の図面に書いてありますよね？
それから変更することになるけど大丈夫ですか？

階段の窓が大きくなるのでしたら申請上は問題ないと思われます。
工事ですが、手間はほとんど変わらないので、窓の取り付く構造用合板１枚を取り替える方がよいと思います。サイディングも新しく数枚を取り替える方がよいでしょう。
たとえ小さなサッシでも、壁に穴を開けるだけでなく、サッシの受け枠の木材（４５×１０５か９０程度）を、サッシの４方に取り付ける必要があるからです。またサッシの巾が４５センチ以上あるときは、サッシの中央部上下に間柱が追加になります。
リフォームではなく、新築ですので、完全な工事をお奨めします。
費用は、必ず、事前に工務店と話し合って決めて下さい。

いろいろなご意見ありがとうございます。

皆さんのご意見を元に工務店と話し合いました。

横の巾は同じで縦を４０センチほど伸ばします。

工事は現在のサッシをとるためサイディングを窓より大きく切り取る
サッシをとる
内部を変更
防水透湿シートを大きめにはる
新しいサッシにテープを貼る
サイディングをはった後にコーキングする

だそうです。
１５万ほどだそうです。

工務店は大工さんの言う通りです。先日の雨漏りのリスクの話は数パーセントの話ですので大丈夫です。雨漏りしないよう施工します。
また、瑕疵担保保障にも今回の変更工事は含まれます。
建築途中の変更はすべて含まれますから安心です。

と言いましたので御願いしようと思うのですが、
瑕疵担保保障に含まれることを打ち合わせシートにでも書いて欲しいと申したら
保証書に書いてあるので書かないといわれました。

保証書には工事としか書いておらず、建築途中の変更の文言がありません。
ちょっと不安なのですが、考えすぎでしょうか？

よろしく御願いします。

逆に、今回の工事は瑕疵保証に含めない　そう一筆入れない限り有効でしょう