レイアウト的追加ですと我が家の場合ですが正面20cm、横10cmのL字カウンターを取り付けで4万ほどの追加料金でした。カウンターの幅やレイアウトの仕方で料金は前後と思います。
吊戸の割引についてですが(これも我が家の場合です)割引というより相殺と考えた方が良いかも知れません。最初追加料金が怖くてちょっとづつオプションを追加していたのですが全然追加料金が発生しないのでなぜかと尋ねたら「吊戸がない分その料金でカバーされているのではないでしょうか?」とのことでした。
吊戸を削除することで安くなることはありませんがその分追加できる仕組みでした。10万ほどのプラスでコンロとレンジフードをグレードアップしました。
この割引率もメーカーによって違うが難しいトコです。パナソニック、TOTO、リクシルを周りましたがキッチンに関してはリクシルが一番割引率がよかった気がします。TOTOはなんかいまいちで、パナソニックはワークトップの標準がステンレスでした。リクシルは扉の選べるグレードが多かったのでデザイン気にするならリクシルがお薦めです。
設備品が標準のままでしたらカウンター造作工事と材料費で済みます。あまり変わったことをしなければ我が家と同じぐらいの料金になるかと思います。