ホームページに載っている金額は本体価格のみの金額になります。
これにプラス付帯工事で250万ほどかかります。(環境に応じて変わります)
また火災保険や登記などの諸経費、地盤改良工事などは含まれていないので見積もりの際は総額も出してもらうと良いと思います。
1から注文することによって大幅に金額あがるようなことはないと思います。我が家の場合は聞かれた要望を答えてこちらの希望を伝えてプランを作ってもらう形でした。こちらの希望したことのいくつかが本体価格以外のオプションとして追加されていました。
要望が本体価格に含まれていないものとなるとオプションに追加されますので要望の質によっても金額は変わってきますから金額がどのようになるかはその方次第ですね。無垢材に変更や窓の数や大きさの変更などもオプションとして追加になるかと思います。標準仕様でプランしてもらえば企画プランとほぼ同額になるかと思いますよ。
サービスしてくれたり減額案をだしてくれたりキャンペーンがあったりするので金額については答えにくいところがあります。