新築マンション。正しい巾木の施工とは？

お答えします。マンションデベ歴20年です。

質問者さんの仰るクッションフロアーというのは上でどなたかが言われている通り直貼りフローリングのことだと推察します。
また、質問者さんの仰る巾木は塩ビ製のいわゆるソフト巾木でなく木巾木であると推察します。
木巾木と言えどもMDFを基材とした建具と同じようなオレフィンシートで仕上げたものだと思います。
MDFの場合、無垢材と違いソリが生じることは少なくなりますので、巾木のソリが原因ではなく壁の施工精度だと思われます。
要するに壁がうねっているという事が原因ではないでしょうか？

そこで、確認ですが巾木と壁に隙間があるのは“界壁”の部分ではないでしょうか？
間仕切り壁と違い、下地がプラスターボード（石膏ボード）ではなくコンクリート壁に直にクロス仕上げしている壁ではないかと思います。
下地がプラスターボードの時は針釘で打ち付けられますが、相手がコンクリートでは釘は効きません。
よって、どうしても接着剤のみで巾木を貼りつける施工になります。
このとき、壁のうねりに木巾木が追随できず壁と巾木の間に隙間ができます。因みにソフト巾木の場合なら少々壁が曲がっていても壁のうねりに巾木が追随しますので隙間が発生することは無いですし、万一あっても接着剤で付ければ解決です。

巾木と壁との隙間があまりにも気になるようでしたら、隙間をコーキングするなどの対策が取られることがあります。
それでも目に見えて壁が歪んでいるようでしたら壁を真っ直ぐに直すしか方法はありません。
壁を真っ直ぐにするにはコンクリート下地を直さなければなりませんのでその壁のクロスを全部剥がし、壁際のフローリングも剥がすようになります。左官仕事で改めて壁の平滑を作るか内側にプラスターボードを捨て貼りするしかありません。

気になる程度は個人により様々です。施工精度が問題ならば施工会社ではなくそこの売主のデベロッパー相手に相談しては如何でしょうか？営業担当経由でデベロッパーの担当に対処法を決断してもらうのも手です。

一つだけご理解頂きたいことは、施工精度には限界があるという事です。
100％完璧なものを目指して施工しても、精密機械ではない建築の世界ではさすがに限界があります。
特にコンクリート界壁は完全平滑にはなりません。先ほど申し上げたように内側にボードを貼ればそれに限りなく近くできますが、施工仕様書において元々そのような仕様ではない場合、施工会社は施工しません。
車や家電などもそうですが、同様な商品でも普及商品と高級商品があるようにマンションでも価格によっては仕様も異なるという事です。

但し、質問者さんの話を読んで思ったことは「この隙間は仕方ありません。」と答えた施工会社の担当は間違いなくポンコツだという事です。私なら許しません。これが通るなら何のための内覧なんでしょうか。ただ単に傷やヨゴレをチェックするための期会ではありません。甚だ疑問です。
ユーザーの指摘事項に関しては、一様にまずそれを解決するための努力をして当たり前です。努力も無しに「仕方ありません。」というのは言語道断です。しかも質問者さんに十分な説明もない訳でしょ？（状況を十分理解できてたらもうちょっとわかりやすい質問だったでしょ？）

クレーム対応の悪さがクレームを大きくする。これはポンコツにありがちなパターンです。
質問者さんがきちんと状況を理解できるように説明を求めてみては如何でしょうか。

素敵なマンションライフは目の前です。しっかり話し合って満足のいくお引き渡しを受けることを心より願っています。