以前にも少し紹介しましたが、条例違反ということでしたら、市役所宛で情報公開制度を利用し下記の書類を集められると許可の状況がよくわかるのではないかと思います。
①京都市中高層建築物等の建築等に係る住環境の保全及び形成に関する条例に基づき事業者から提出された書類(・近隣住民への説明書、・調整及び調停の申し出の有無、・第11条第4項(標識記載事項の変更)の届け出の有無、・第13条第1項の規定による報告の内容 等)
②建築計画概要書
③中高層協議の内容についての文書
④御池通沿道特別商業地区建築条例第4条第1項ただし書きの規定による許可(特例許可)の有無
(有の場合は、その理由と公開意見聴取を行った日時、場所、出席者、地域への周知の方法とそれを実施した日時も)
また、京都市役所と京都府庁宛に、「イーグルコート烏丸御池ルミエの建築違反に関して近隣住民等より指摘や問合せの件数」も情報請求すると、どのくらいの方が役所に問合せしているかおおよそイメージできると思います。
上記の資料と実態とを照らし合わせると、違法といえるのかどうかも判断しやすいと思います。
情報公開請求には往復の切手代と、送付してもらう資料のコピー代(白黒なら10円/枚程度)の実費負担分のみですので。
ちなみに資格要件はなく、誰でもできるので簡単です。(場合によっては請求が却下されることもあるので、必ずしも情報公開されるわけではないですが)
一度はっきりさせておくと、今後の対応も決めやすいのでないかと思います。