補強内容が確認申請に影響する範囲だと問題になりますね。
推測だろうと言われそうですが、同業として状況勘案するに、
柱の補強について、新たに構造計算や申請が必要なレベルなのかと思います。
すると、そもそもその申請自体が通るか分からないし、
超高層マンションの強度に関する部分は慎重に審査しますので時間を要します。
審査結果が分からない中で、補強するとも建て直すとも言えず、
かといって工事を止めていれば契約者から様々な疑念が沸き起こると想定され、
結果苦肉の策として、不具合だけを申入れ、
その間に結論を早急にまとめようとしたものの、やはり時間を要しているのでは、
というところですかね。
もちろん補強されれば、きちんとした計算と審査を経た内容なので、
問題はないはずです。ただし竣工遅れと風評被害だけは避けられないでしょう。